Theo học thuyết kinh lạc: 12 kinh mạch bên trong phụ thuộc 12 tạng phủ, bên ngoài nối với các khớp chân tay. Nhờ hệ kinh lạc mà các bộ phận trong cơ thể cấu thành một tổ chức hoàn chỉnh, thống nhất. Giữa tạng và tạng có quan hệ mật thiết với nhau.Giữa tạng với phủ và giữa đường kinh này với đường kinh khác có quan hệ không thể tách rời.

Theo Pavlov: Vỏ não là cơ quan phản xạ có điều kiện. Mọi biến hóa của bệnh lý là do sự biến hóa cơ năng của thần kinh cao cấp gây ra. Vỏ não quản lý mọi hoạt động của nội tạng. Khi thủy châm vào một huyệt vị trên cơ thể sẽ truyền xung động kích thích đó đến vỏ não, rồi từ vỏ não phản xạ tới các cấp của hệ thần kinh, để điều chỉnh tất cả hoạt đông của cơ quan nội tạng nên chữa khỏi bệnh. Ngoài ra trên mặt da có các điểm vô cùng nhỏ bé là những điểm hoạt động do cơ năng của các nội tạng phản ánh trên da. Nên khi thủy châm tức là kích thích vào các điểm (huyệt) để chữa bệnh.

Theo dược lý: Bất cứ một loại thuốc tiêm nào đó thích hợp với tiêm bắp hoặc tiêm tiêm dưới da (trừ những loại thuốc có tác dụng kích thích quá mạnh), dù tiêm vào bất cứ bộ vị nào dưới da hoặc bắp thịt cũng có tác dụng dược lý như nhau. Ngoài tác dụng dẫn truyền của huyết dịch, thuốc được tiêm vào huyệt có thể qua tác dụng của kinh lạc giúp cho cơ thể hấp thu thuốc nhanh, tác động mạnh tới bộ vị có bệnh mà chỉ cần liều lượng nhỏ đặc biệt các loại thuốc có tác dụng gây hưng phấn hay gây ức chế các trung khu thần kinh.

Trong khi thủy châm về tác dụng dược lý, có rất nhiều ưu điểm:

- Cùng một thứ thuốc nếu tiêm vào huyệt vị thích ứng trên cùng một bệnh nhân, tác dụng dược lý mạnh hơn khi không tiêm vào huyệt vị.

- Cùng một thứ thuốc nếu tiêm vào huyệt vị thích ứng trên cùng một bệnh nhân chỉ cần liều lượng ít cũng vẫn có tác dụng dược lý mạnh như dùng liều lượng nhiều.

- Phối hợp thuốc với châm cũng có ưu điểm là cùng một lúc giải quyết được nhiều chứng bệnh khác nhau.

- Bệnh nhân muốn được thực hiện thủy châm phải qua thăm khám của bác sĩ, đưa ra chẩn đoán và phương huyệt cần thực hiện thủy châm.

- Phương pháp thủy châm định vị: khi mũi kim đã đưa đến đúng huyệt thì cố định mũi kim rồi bơm hết lượng thuốc đã định.

- Phương pháp thủy châm từ nông đến sâu hoặc từ sâu đến nông: khi đã tìm đúng huyệt vị thì bắt đầu bơm thuốc chừng 0,1  - 0,2cc thì rút kim lên chừng 0,1 - 0,2cm rồi lại bơm, cứ làm như thế bơm cho đến lúc hết thuốc thì mũi kim cũng vừa ra khỏi da. Ngược lại cũng có thể bơm thuốc dần dần từ nông vào sâu cho tới đúng vị trí của huyệt thì bơm hết thuốc. Ưu điểm của phương pháp này là tránh đọng thuốc ở một chỗ đè vào các thớ thịt nhỏ gây đau cho bệnh nhân.

- Phương pháp thủy châm kết hợp tiêm bắp với tiêm dưới da: tìm đúng huyệt vị, tiêm một phần thuốc vào bắp thịt sau đó từ từ kéo kim lên phần nông và tiêm nốt thuốc vào dưới da, thuốc ở dưới da sẽ dự trữ lại và thấm dần dần. Ưu diểm là khi dùng thuốc kích thích mạnh sẽ giảm nhẹ kích thích đối với bắp thịt và thần kinh.

Các bệnh liên quan đến thần kinh như chứng đau nửa đầu, thiểu năng tuần hoàn não, viêm thần kinh hông to, người bệnh sau đột quỵ, đau dây thần kinh ngoại biên...

Các bệnh liên quan đến cơ xương khớp như bong gân, thoái hóa xương khớp, trật khớp, viêm khớp mạn tính,...

Bên cạnh đó, có thể kết hợp phương pháp thủy châm cùng các biện pháp châm cứu để điều trị các căn bệnh mãn tính như hen phế quản, phục hồi sau đột quỵ,... cũng rất hiệu quả.

- Thông thường sau khi tiến hành thủ thuật, bệnh nhân thường có một số cảm giác như vã mồ hôi, nóng bừng mặt, hoa mắt chóng mặt, mạch đập nhanh… Vì vậy, bệnh nhân cần nằm nghỉ 15 phút, các triệu chứng này thường qua nhanh.
- Mỗi ngày chỉ nên thủy châm 1 lần, đợt điều trị có thể tiến hành khoảng 10 - 15 lần.
- Thủy châm chỉ có thể được thực hiện với tình trạng bệnh cần thiết, phải được sự chỉ định của thầy thuốc và thực hiện tại bệnh viện, các cơ sở y tế bởi các bác sĩ có tay nghề vững vàng, có kinh nghiệm và có cơ sở pháp lý về thủy châm.

Hiện nay, BVĐK Thiệu Hóa đã áp dụng phương pháp thủy châm trong điều trị nội trú và ngoại trú. Phương pháp điều trị này được thực hiện bởi các bác sĩ có chuyên môn tốt sẽ mang đến hiệu quả cao.